Josef Zaugg erhielt seine musikalische Ausbildung an den Konservatorien Bern und Zürich und am Institut für Kirchenmusik des Kantons Zürich, wo er sich zum Kantor ausbilden liess. An der Universität Bern erwarb er das Schulmusikerpatent. Weitere regelmässige Studien führten ihn zu John Eliot Gardiner, Sir Roger Norrington und an die internationale Bachakademie Stuttgart zu Helmuth Rilling.

Josef Zaugg ist Leiter verschiedener Chöre. Mit dem Kantatenchor Bern, dem Bach-Collegium Bern und dem Orchester La Partita Zürich führt er seit vielen Jahren in Kantatengottesdiensten, Morgenmusiken und Konzerten vokale Werke von Johann Sebastian Bach auf (u.a. über 120 Kantaten, Weihnachtsoratorium, Johannespassion, Messen). Seit 1977 arbeiten zwei seiner Chöre (berner jubilate chor und Kirchenchor Thun‑Strättligen) eng zusammen. Mit ihnen erarbeitet er die grossen Oratorien des Barocks, der Klassik und Romantik.

Speziell zu erwähnen sind die Schweizer Erstaufführungen des Oratoriums Abraham von Carl Armand Mangold (2001) und des 103. Psalms in der Vertonung von Johann Gottlieb Naumann (2003). Im Januar 2004 folgte mit Mendelssohns Athalia eine weitere Schweizer Erstaufführung.

Josef Zaugg ist seit vielen Jahren Chorleiterausbildner beim Christlichen Sängerbund der Schweiz (CSS), langjähriger Singwochenleiter sowie Initiant und Leiter der Sommer-Akademie Thun.